在華人生技業中，張念慈算是成功很早的佼佼者，雖然唸的是化學，但是到默沙東藥廠任職時，卻從中草藥起步。1982年，張念慈在默沙東才兩年，負責中草藥部門，當時剛好碰到大陸「改革開放」，許多經歷「文化大革命」解放出來的科學家、學者初次獲准到美國，參訪了國家衛生研究院、食品暨藥物管理局(FDA)和默沙東藥廠。
中英文俱佳的張念慈，自然成為負責接待這批總計600多位自北京北大、中科院、醫科院和上海醫大等科學家，也和他們建立很好的關係，甚至一些一些經中草藥科研和專業訓練的專家，成為他日後創業的最力後盾。
其中，出身中國上海第一醫科、曾任該校天然藥品系主任暨教授的張德成，由於任職上海醫科大學院長的戴華娟罹患肺癌，張念慈四處打探各種肺癌最新療法，還爭取當時仍在臨床試驗中藥物GCSF供她試用；這分熱誠深深打動張德成，雖然戴華娟最後仍告不治，兩人卻因而培養出患難與共的情感，最後張德成還成了他後來的創業夥伴。
中國向來將發展中草藥列為國家政策，當年安排中草藥專家學者前往美國考察，目的也在探詢發展中、西藥結合、運用的可行性。張念慈負責的中草藥事業部門，正好與中國科學家一拍即合，希望運用西藥的科學方法，與中草藥結合，研發具療效的植物藥品。張念慈也出任默沙東與上海、北京醫科大學長期合作計畫的研發團隊領導人。
由於中藥多半是複方，同一處方裡往往是數種植物藥材併用，為了達到療效，通常所需服用的藥材數量相當可觀；加上質量不好控制，很難標準化 ，這是亞洲中草藥無法打進國際市場重要原因。張念慈發明一套研究草本植物的系統方法，他任職默沙東十年裡，總共研究了17,000多種草藥，包括6,700種中藥和許多印度、北非、中東 、南美草藥，提列出五萬種萃取物，成為中草藥最具權威的專家。
1992年，他與張德成創立Cinogen公司，即是以天然物提煉與萃取來改善中草藥定量與定性問題，並結合中西藥特長，降低毒性，提高效能。Cinogen以上海為基地，研發專攻中風、風濕病、 癌症等領域，後來並投入保健市場。 次年張念慈創立第二家公司Pharmanex，便將Cinogen也併入。
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