成就
浩鼎風暴中，翁啟惠案件引發中研院院士、台美42個社團的聲援，主要是他對台灣生技產業的貢獻、引進海外專家回台投資和培訓人才。
中研院官網說翁啟惠是世界知名最具創見、最多產的有機生化學家之一，他最受稱讚的是首創結合化學及酵素方法闡述醣分子在生物識別過程所扮演的角色，翁啟惠的開創性研究，不僅開啟一個新的化學領域，也改變大家對生物界三大分子之一「醣分子」的認識，且對功能基因體科學研究及新藥物發展有重大影響。
翁啟惠是世界首位成功以酵素技術大量合成複雜多醣體及醣蛋白的科學家，這個突破性的合成方法使得複雜多醣體及 醣蛋白，如治療性抗體，能進入臨床研究並用來開發治療癌症、傳染性疾病、心臟病、中風及各種發炎疾病的新藥。他所發明的「程式化一鍋式反應」也是第一個自動化合成多醣體的化學方法，可快速合成寡醣，並製作醣晶片，對生物與醫學皆深具創新與啟發之意義與作用。
翁啟惠發表超過700篇的學術研究論文，並擁有100項以上的專利，且有多項專利技轉至業界成立新創公司。他的論文因質量並重且被高度引用，科學家影響指數 (H-index)高達137。137是指發表過的137篇論文，每篇都被引用超過137次，通常科學家發表論文的篇數很少能超過自己的年紀，更遑論是被引用的次數，因此，翁啟惠的影響指數是相當突出的！
2003年回台時，有鑑於台灣生醫產業規模僅佔全球市場的0.6%，而且大多是保健食品及低階醫材產業，為了改變現況，翁啟惠協助政府制定「生技新藥產業發展條例」及修改「科技基本法」，以鼓勵資金、人才與技術之流通，促進新藥及高階醫療器材之研發。對人才之養成、兼職、智財保護及科研採購也有更進一步的變革，並朝「公」與「教研」分軌的體制改革目標前進。
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